I rettili.
Interessante è lo studio delle specie di rettili che abitano l'isola, delle quali nessuna è velenosa. Due le rarità: il colubro ferro di cavallo “Coluber Ippocrepis”, il più bel serpente d'Europa per la sua colorata livrea, diffuso solo a Pantelleria e
in Sardegna. L'altra rarità è rappresentata dalla testuggine greca “Testudo Greca”, chiamata localmente “tartuca”; la colonia che vive a Pantelleria è una delle poche oggi rimaste allo stato selvatico (in Sicilia completamente estinta). Le lucertole, localmente chiamate “sarmuscele” di specie siciliana, scorrazzano per i muretti dell'isola insieme ai gechi, “cucciarde tignuse”, mimetizzandosi perfettamente con l'ambiente circostante. Altri rettili presenti sull'isola sono il biacco i cui esemplari melanici sembrano fatti d'ossidiana e il gongilo chiamato “sangumia” che stabilisce la sua dimora sotto terra e sotto i sassi.

Gli uccelli.
Per tutti gli amanti del bird watching, è consigliato l'appostamento attorno alle rive sabbiose del lago Specchio di Venere. Moltissime sono le specie di uccelli che lo
frequentano sia stanziali che di passo: dalle piccole capinere “fatascià”, agli eleganti trampolieri come aironi cenerini, fenicotteri rosa e grù. Tra la fauna alata di Pantelleria che attraversa il Mediterraneo nei due sensi, vi sono moltissime
specie, come l'enigmatico falco della regina “Falco Eleonorae”, il nibbio bruno, il falco pellegrino, le poiane, le albanelle. Il falco più caratteristico dell'isola è “u sicarro” (specie stanziale) nome locale del gheppio, che ha colonizzato
tutte le rupi dell'isola. Abituali frequentatori dell'isola, sono tordi, merli, beccacce, quaglie, nitticore, garzette ciuffetto, cavalieri d'Italia, avocetti e gru. La Montagna Grande è l'unica stazione europea, dove nidifica la coloratissima cinciarella
algerina e il raro beccamoschino. Moltissimi sono gli uccelli marini. Principali rappresentanti di questa categoria sono il gabbiano reale, la berta, le sterne, il gabbiano comune, la sula i cui tuffi sono inconfondibili e il cormorano. Presenti
sull'isola esemplari di strigiformi. Il più diffuso di questi è il barbagianni, padrone dei cieli notturni dell'isola. Altri uccelli che usano l'isola, come punto di sosta, durante la loro migrazione sono i succiacapre, le allodole e le tortore (di cui
alcuni esemplari si sono trasformati in specie stanziale).