La particolare posizione geografica dell'Isola di Pantelleria, al centro di tutte le rotte per il Mediterraneo centrale, spiega le numerose testimonianze archeologiche rinvenute nei fondali.
Uno dei più importanti siti archeologici subacquei è Cala Gadir. Ad una profondità di circa 18 mt, su un fondale sabbioso, comincia una vasta area in cui sono stati individuati una serie di reperti risalenti all'epoca Punico-Romana, a sottolineare
l'importanza della cala come punto di approdo per le numerose navi che transitavano in questi mari.

Purtroppo oggi sono visibili solo i frammenti delle anfore depositate sul fondo e qualche pezzo di legno residuo delle antiche navi naufragate.
Moltissime sono, comunque, le anfore recuperate dai fondali attorno all'Isola di Pantelleria.
Catalogate a cura del Dipartimento di Archeologia dell'Università di Bologna, in collaborazione con la Soprintendenza ai Beni Culturali ed Ambientali della Provincia di Trapani ed il Comune di Pantelleria, sono conservate nelle stanze del Castello a cura della Sede di Pantelleria dell'Archeoclub d'Italia. Un altro importante sito archeologico si trova nel tratto di mare davanti località Arenella. Su una superficie di circa 100 metri, sono stati segnalati moltissimi resti di ceramiche concrezionati nella roccia, fatti risalire all'epoca Tardo Imperiale Romana, grazie alla presenza nel sito d'anfore cilindriche di quel periodo e del tipo “Spatheon”.
Nella zona del porto di Scauri invece, sono stati individuati i resti del relitto di un'imbarcazione naufragata che risale al VII-VIII sec a.C. ( Epoca Tardo Antica). Sul fondo sono state rinvenute numerose ceramiche, soprattutto piatti, scodelle e
pignate, oltre ad una grossa macina. Molte altre, comunque, sono le segnalazioni della presenza di reperti archeologici, depositati sui fondali, a testimoniare l'importanza del patrimonio archeologico marino dell'isola.